Compétition de niche par des espèces de Staphylococcus associées à l'homme

Bernhard Krismer
University of Tübingen, Tübingen, Allemagne

Les microbiomes se trouvant sur les surfaces du corps humain affectent la santé de multiples façons puisqu’ils contiennent non seulement des bactéries commensales ou mutualistes mais également des bactéries potentiellement pathogènes. Les staphylocoques font partie des membres les plus en importants du microbiome humain, colonisant principalement la peau et les narines. Outre les espèces les plus abondantes, Staphylococcus epidermidis, le nez est aussi fréquemment colonisé par Staphylococcus aureus qui est potentiellement pathogène. La compétition pour les sites de fixation épithéliaux ou pour les nutriments, les sensibilités différentes aux molécules de défense de l’hôte et la production de molécules antimicrobiennes peuvent déterminer si des bactéries nasales rivalisent entre elles. Nous avons récemment identifié la lugdunine, produite par la souche nasale Staphylococcus lugdunensis, qui est une molécule capable d’éradiquer S. aureus. Il est intéressant de noter que cette espèce est aussi dépendante de l’acquisition de xénosidérophores. Toutefois, l’arsenal des isolats bactériens nasaux inclus de nombreux autres composés non identifiés, qui pourraient jouer un rôle important dans la compétition de niche. Nous avons maintenant identifié dans divers isolats de S. epidermidis, l’épifadine, une molécule hautement instable mais à large spectre d’action produite par un cluster de gènes biosynthétiques NRPS/PKS. La production constitutive mais aussi la courte demi-vie pourraient représenter une stratégie dans la guerre bactérienne pour réduire les dommages collatéraux involontaires des co-habitants de soutien. De manière inattendue, une molécule bien connue provenant des moisissures et des bactéries du sol pourrait également jouer un rôle important dans la rivalité bactérienne sur l’hôte humain.