Dr. Cesar de la Fuente est professeur associé présidentiel à l'Université de Pennsylvanie, où il dirige le groupe de biologie des machines. Il est l'un des plus jeunes professeurs titulaires de l'histoire de Penn Medicine. Il a effectué des recherches postdoctorales au Massachusetts Institute of Technology (MIT) et obtenu un doctorat à l'Université de Colombie-Britannique (UBC).
Les travaux de recherche de Dr. de la Fuente vise à utiliser la puissance des machines pour accélérer les découvertes en biologie et en médecine. Il a été le pionnier du développement du premier antibiotique conçu par ordinateur et efficace sur des modèles animaux, contribuant ainsi à faire de la découverte d'antibiotiques basée sur l'IA un domaine émergent. Son laboratoire développe des méthodes informatiques pour exploiter les informations biologiques dans le monde, permettant l'identification de plus d'un million de composés antimicrobiens et redéfinissant le corps humain lui-même comme une source riche et systématique d'antibiotiques. Ce travail a commencé par la première exploration complète du protéome humain pour la recherche d'antibiotiques, qui a révélé une branche jusqu'alors méconnue de l'immunité de l'hôte.
Son groupe a égalementSon groupe a également été pionnier dans le domaine de la désextinction moléculaire en étant le premier à identifier des molécules thérapeutiques dans des organismes éteints, une approche qui a déjà donné naissance à des candidats antibiotiques en phase préclinique, notamment la néandertaline, la mammuthusine et l'éléphasine. Au-delà des eucaryotes, son laboratoire a étendu la découverte d'antibiotiques à d'autres branches de l'arbre de la vie. En analysant par ordinateur la matière noire microbienne, l'équipe a identifié près d'un million de molécules antibiotiques supplémentaires et les a mises en libre accès afin d'accélérer leur synthèse, leur caractérisation et leur développement à l'échelle mondiale. Cet effort a permis d'exploiter l'apprentissage automatique pour analyser 63 410 métagénomes et 87 920 génomes microbiens. En parallèle, grâce à l'exploration informatique de milliers de microbiomes humains, Dr. de la Fuente et ses collaborateurs ont découvert de nombreux agents antimicrobiens, dont la prévotelline-2 issue du microorganisme intestinal Prevotella copri.
Collectivement, ces initiatives ont permis de réduire le temps nécessaire à l'identification des candidats en phase préclinique de plusieurs années à quelques heures, avec des gains de vitesse estimés à plusieurs millions de fois, ce qui a permis d'économiser des années de recherche humaine et de transformer ce qui exigeait autrefois des décennies d'efforts collectifs en des flux de travail pouvant être exécutés en quelques heures. Pour soutenir ces travaux, son laboratoire a développé la pile APEX AI (APEX, ApexGO, ApexDuo et ApexOracle) pour la prédiction séquence-fonction, l'optimisation computationnelle, la conception thérapeutique multimodale et la découverte à réponse rapide. Parmi les autres avancées de son laboratoire, citons la reprogrammation de venins en antimicrobiens, le développement de nanorobots autonomes pour traiter les infections, la création de matériaux antimicrobiens résistants et l'invention de dispositifs de diagnostic rapides et peu coûteux pour la COVID-19 et d'autres infections. Il est chercheur au NIH MIRA et a reçu la reconnaissance et des fonds de recherche de nombreuses organisations.
Dr. de la Fuente a reçu de nombreux prix nationaux et internationaux. Il a été élu membre de l'American Institute for Medical and Biological Engineering (AIMBE), devenant ainsi l'un des plus jeunes membres jamais intronisés, et a été reconnu par le MIT Technology Review comme l'un des meilleurs innovateurs au monde pour « avoir numérisé l'évolution afin de créer de meilleurs antibiotiques ». Parmi ses distinctions, on peut également citer le premier prix Langer, le prix ACS Kavli Emerging Leader in Chemistry, le titre de conférencier émérite de l'ASM, le prix Waksman Foundation Lecturer, le prix Miklós Bodanszky, le prix 35 Under 35 de l'AIChE, le prix Young Investigator de la Society of Hispanic Professional Engineers, le prix ACS Infectious Diseases Young Investigator, le prix Thermo Fisher et le prix EMBS Academic Early Career Achievement pour avoir été le pionnier du développement d'antibiotiques conçus à partir de principes issus de l'informatique, de l'ingénierie et de la biologie. Plus récemment, il a reçu le prix Princess of Girona, les prix ASM pour la recherche appliquée et biotechnologique en début de carrière et pour la recherche fondamentale en début de carrière, le prix Rao Makineni Lectureship Award de l'American Peptide Society et le prix Fleming, et a été sélectionné comme leader émergent en santé et médecine par la National Academy of Medicine. Il a été nommé Sloan Fellow et sélectionné par le Forum économique mondial pour faire partie de la promotion 2025 des Young Global Leaders. En 2026, M. de la Fuente a été élu membre de la Royal Society of Biology.
Il siège au comité de rédaction de nombreuses revues scientifiques et est actuellement rédacteur en chef adjoint de Drug Resistance Updates, Nature Communications Biology, Bioactive Materials, Bioengineering & Translational Medicine et Digital Discovery. Il a été nommé à plusieurs reprises « chercheur hautement cité » par Clarivate (dans le top 1 % des chercheurs les plus cités au monde) et a reçu un doctorat honorifique de l'Université de León à l'âge de 39 ans. Le professeur de la Fuente a donné environ 400 conférences sur invitation, dont de nombreuses conférences liminaires et nommées, et a également pris la parole lors de conférences TEDx. Il est coauteur d'un ouvrage influent sur l'apprentissage automatique pour la découverte de médicaments, a obtenu plusieurs brevets et publié environ 200 articles évalués par des pairs dans des revues telles que Cell, Science, Cell Host & Microbe, Nature Biomedical Engineering, Nature Microbiology, Nature Communications et PNAS.
** La photo de César de la Fuente a été prise lors de la remise du prix Princesse de Gérone en 2021. MARTÍ E. BERENGUER (©MART E. BERENGUER)